Adicione as cláusulas abaixo no AppServer.ini do serviço Protheus para que seja possível aplicar patchs e editar o INI do server diretamente pelo Totvs Developer Studio.

[TDS]
AllowApplyPatch=*
AllowEdit=*

Esse asterisco indica que qualquer TDS em qualquer máquina, que tenha feito conexão com  o servidor, poderá aplicar patchs ou editar o INI. Mas é possível inserir apenas os IPs que você desejar permitir, separados por vírgula.

Veja a documentação completa sobre cada uma dessas cláusulas no TDN:

AllowApplyPatch: https://goo.gl/JuaKBh
AllowEdit: https://goo.gl/RIaI7A